Научно-исследовательский институт «Медстатистика» создан приказом Министерства здравоохранения СССР от 31 января 1972 г. № 10 во исполнение постановления Совета Министров СССР от 13 января 1972 г. № 33-14.

Во исполнение распоряжения Правительства Российской Федерации от 16 сентября 2021 г. № 2581-р и приказа Федерального медико-биологического агентства от 24 сентября 2021 г. № 195 Институт реорганизован путем преобразования в Федеральное государственное бюджетное учреждение «Научно-исследовательский институт «Медстатистика» Федерального медико-биологического агентства», которое начало функционировать 31 января 2022 г.

Предметом деятельности Учреждения является обеспечение выполнения фундаментальных научных исследований, прикладных научных исследований, научно-технические разработки, научно-информационное обеспечение организаций, учреждений и ведомств в области оценки воздействия вредных факторов биологической, химической и физической природы, в том числе содержащихся в объектах окружающей среды, на человека, сельскохозяйственных животных и растения.

В настоящее время в Учреждении работают 2 доктора наук, 12 кандидатов наук.